प्रिज़न ब्रेक सीज़न 1 की कहानी माइकल स्कॉफील्ड (वेंटवर्थ मिलर) के इर्द-गिर्द घूमती है, जो एक सफल वास्तुकार है। वह अपने भाई लिंकन बर्म्स (डोमिनिक पर्सेल) को जेल से छुड़ाने के लिए एक योजना बनाता है, जिसे गलत तरीके से हत्या का दोषी ठहराया गया है।
